Se você está usando um checkout que não seja transparente isso é normal pois principalmente os pedidos feito no boleto as pessoas não vão até o final do processo até chegar na página 'thank_you" onde é disparado o pixel Purchase do FB
Já os pedidos feitos com cartão de crédito esse sim deve ativar o pixel de compra independente de usar checkout transparente assim no Facebook ADS as métricas não ficam 100%
Se usar o Moip ou Stripe creio que esse problema acabaria porém esses players tem algumas desvantagens
Moip - Se eles souberem que faz Dropshipping colocam 60 dias para recebimento
Stripe - Aceitam somente cartão e não parcelam