HenriqueLeite Você precisa consultar o frete por CEP, esse frete que vem por padrão é de um CEP de São Paulo, se você clicar em editar ali no frete você verá as opções para testar outros fretes. Mas sinceramente não acho viável trabalhar com frete grátis para os fornecedores nacionais, a não ser que você faça por região lá na Nuvemshop. Por exemplo colocar frete grátis para região Sudeste que normalmente o frete é mais barato, mas para as demais regiões deixar o frete pago.
No Marketplace Nacional também é possível fazer a consulta dos fretes, para que você possa ir testando valores por CEP de diferentes regiões.