Acho que o Mercado Pago ainda não tem o checkout transparente, seria uma boa. Eu tava estudando pra colocar o do CartX na minha loja, mas no dia que eu ia instalar fiquei sabendo que eles não estão aceitando novos usuários, pois estão tentando fazer uma parceria pra colocar o App na loja da Shopify, ai fui informado que talvez só semana que vêm, se der tudo certo, que vão aceitar novos cadastros. Dá uma pesquisada sobre o CartX no Youtube, é bem interessante.